La Universidad Cisneriana es la más vasta, valiosa y representativa obra arquitectónica de la ciudad, sede del Rectorado de la moderna institución universitaria complutense. Su fundación, en 1499, por el cardenal Gonzalo Jiménez de Cisneros
A su amparo se construyeron más de cuarenta colegios menores, se fundaron numerosos conventos, se edificaron hospitales, se trazaron y urbanizaron nuevas calles y hasta se erigió una cárcel para estudiantes, símbolo del poder jurisdiccional de la Universidad. convirtió a Alcalá de Henares en uno de los centros universitarios más importantes de Europa, particularmente, por sus estudios de Teología.
A su amparo se construyeron más de cuarenta colegios menores, se fundaron numerosos conventos, se edificaron hospitales, se trazaron y urbanizaron nuevas calles y hasta se erigió una cárcel para estudiantes, símbolo del poder jurisdiccional de la Universidad. convirtió a Alcalá de Henares en uno de los centros universitarios más importantes de Europa, particularmente, por sus estudios de Teología.
Cualquier primera visita al Colegio Mayor de San Ildefonso debe rendir tributo de contemplación a su fachada, magnífica obra plateresca de Rodrigo Gil de Hontañón. Fue construida entre los años 1537 y 1553, veinte años después de la muerte del cardenal fundador, sobre la primitiva pared de ladrillo. La disposición de todos los elementos escultóricos y arquitectónicos responde a un propósito narrativo sobre los principios filosóficos y teológicos que sustentaban ideológicamente la institución cisneriana. Ha sido y sigue siendo materia de disquisiciones y controversias.
El segundo patio, aunque responde en su mayor parte a una restauración del siglo XIX, se le conoce por dos nombres: Patio de Filósofos, porque en él estuvieron instaladas las aulas de Filosofía, y Patio de Continuos, porque en él se alojaron los criados.
El Patio Trilingüe es el último espacio abierto de la Universidad. Su nombre proviene del Colegio de San Jerónimo o Trilingüe, que se instaló en este lugar en el último tercio del siglo XVI y cuyos objetivos docentes consistían en la enseñanza del latín, griego y hebreo, lenguas, junto al arameo, en que se editó una de las obras maestras de la bibliografía mundial: la Biblia Políglota Complutense. El Trilingüe es un hermoso claustro renacentista construído entre 1564 y 1570 por Pedro de la Cotera. Desde él puede accederse al Paraninfo por su puerta principal. Esta estancia y la Capilla de San Ildefonso son las dos edificaciones universitarias más antiguas de entre las conservadas. Ambas están cubiertas por unos artesonados mudéjares.
El Paraninfo es usado como salón de actos de la Universidad. El evento más ilustre se celebra cada 23 de abril para investir al ganador del Premio Cervantes de Literatura.
En cuanto a la Capilla de San Ildefonso, además de los techos cósmicos de la nave y el presbiterio, el sepulcro del cardenal Cisneros es una sobresaliente obra de la estatuaria fúnebre gótico-renacentista, tallado en mármol de Carrara por el escultor florentino Domenico Fancelli.
